次の(1)のほか，(2)のうち１項目，及び(3)を満たし，(4)の疾患が除外できれば，確診となる。
　(1) 臨床症状
　　持続性又は反復性の粘血・血便，あるいはその既往がある。
　(2)
　　�@ 内視鏡検査
　　　(a) 粘膜はびまん性に侵され血管透見像は消失し，粗?又は細顆粒状を呈する。更に，もろくて易出血性（接触出血）を伴い，粘血膿性の分泌物が付着しているか，
　　　(b) 多発性のびらん，潰瘍あるいは偽ポリポーシスを認める。
　　�A 注腸X 線検査
　　　(a) 粗?又は細顆粒状の粘膜表面のびまん性変化，
　　　(b) 多発性のびらん，潰瘍あるいは偽ポリポーシスを認める。その他，ハウストラの消失（鉛管像）や腸管の狭小・短縮が認められる。
　(3) 生検組織学的検査
　　　主として粘膜固有層にびまん性炎症性細胞浸潤があり，同時に杯細胞の減少又は消失，びらん，陰窩膿瘍や腺の配列異常などが認められる。(2)，(3)の検査が不十分，あるいは施行できなくとも，切除手術又は剖検により，肉眼的及び組織学的に潰瘍性大腸炎に特徴的な所見を認める場合は，(4)の疾患が除外できれば，確診とする。
　(4) 除外すべき疾患は，細菌性赤痢，アメーバ赤痢，日本住血吸虫症，大腸結核，キャンピロバクター腸炎などの感染性腸炎，放射線照射性大腸炎，虚血性大腸炎，薬剤性大腸炎，クローン病，腸型ベーチェット，リンパ濾胞増殖症などである。

　注：１ 稀に血便に気づいていない場合や，血便に気づいてすぐに来院する（病悩期間が短い）場合もあるので注意を要する。
　　　２ 所見が軽度で診断が確実でないものは「疑診」として取り扱い，後日再燃時などに明確な所見が得られたときに潰瘍性大腸炎と「確診」する。